在南海问题上，中国台湾也是重要一方。抗战胜利后，国民党当局派海军收复南海，陆续在中业岛、双子礁等多个岛礁派驻军队。其后，随着台军南海战略演变，台军仅在东沙群岛最大的东沙岛以及南沙群岛最大的太平岛驻扎海军陆战队99师。
1999年，时任台湾“国防部长”唐飞宣布从南海撤军，改由海巡部队接防。2000年“海巡署”成立后，专门成立“南巡局”，下辖“东沙指挥部”和“南沙指挥部”。目前，东沙岛有官兵150人，太平岛有官兵105人，装备少量120毫米迫击炮、40毫米及20毫米高射机枪及其他轻武器。
鉴于南海驻防的特殊性，台“海巡署”驻南海官兵一般从陆战队兵源中选派，相关人员除与一般新兵一样要到屏东龙泉新训中心接受8周训练外，还要到高雄左营的陆战学校及陆战77旅受训5周，因此也被称为“准军事力量中的军事力量”。
据《联合报》报道，台“国防部”2012年5月向“立法院”提交的报告显示，为能有效驰援东沙、南沙，台军已完成包括空中快速反应及海上驰援在内的“卫疆作战计划”——除派陆战队水路救援外，小部分特战队员搭乘C-130运输机空降作战。台军高层透露，空中快反部队可在1小时左右抵达东沙，4小时内抵达南沙。
近年来，台湾不断强化兵力整备。2009年起，台当局又在东沙岛修建新码头，2014年2月投巨资在太平岛建码头。目前太平岛由“成功”级护卫舰每月侦巡一次、坦克登陆舰每季实施重型物资运补一次。东沙方面，台海军侦巡舰除不定期前去巡航外，在作战舰护航下，战车登陆舰每年2、6、12月实施重型物资运补一次，C-130飞机每月实施一次定期班机。
不过，台湾在南海的守卫力量仍明显不足，为此岛内不断传出要求增加驻防兵力甚至恢复台军驻守的声音。台《联合晚报》曾透露，台军方已开出清单以无偿拨用方式，为“海巡署”戍守官兵提供“海鸥级”导弹快艇、陆军M-41战车等武器装备，重新赋予太平岛有效射程2.5公里以上的直射火力。台军方还透露，可携带超音速和次音速反舰导弹的迅海舰未来将投入巡弋东沙和南沙的任务。
