根据《工人日报》报道，在前不久举行的丹江口库区及上游水污染防治和水土保持部际联席会议第三次全体会议上，国家发改委副主任杜鹰透露，南水北调东中线一期工程在2002年国务院立项时的投资估算是1240亿元，随着工程的进展，估计后年通水后将达3500亿元。
“3500亿为为南水北调东、中线一期工程投资的整体概算，所谓概算就是说进行了初步设计或扩大初步设计图纸，对项目建设费用计算确定的工程造价。”国务院南水北调建设委员会办公室的一位退休官员对本报介绍。
该官员进一步指出，3500亿的投资概算只是初步的数据，还有待南水北调建设委员会在工作会议上的批复，南水北调建设委员会通常每年开一次会议。
“2008年国务院常务会议批准东线、中线一期工程可行性研究阶段总投资2546亿元，其中，东线一期工程为533亿元，中线一期工程为2013亿元。”该官员指出，需要注意的是，可行性研究阶段的投资只是一个估算，与初步设计阶段的投资概算不是一个概念。
对此，发改委农经司的一位官员对本报解释，南水北调投资规模从立项到可行性研究再到初步设计阶段不断变化，主要并非是因为增加了新的建设项目，而是因为这一工程时间跨度很大，其间物价变化很大，再加上征地、拆迁和移民安置等政策的变化导致的成本的增加，比如征地的成本提高了近10倍。
由于南水北调工程是跨流域、跨省市，具有公益性和经营性双重功能的特大型水利基础设施，所以《南水北调工程总体规划》中确定多渠道筹集资金的原则，主体工程投资主要通过中央预算拨款、南水北调工程基金和银行贷款筹集。
根据南水北调办公室网站披露的最新数据，截至2012年9月，已累计下达南水北调东、中线一期工程投资2129.3亿元，其中中央预算内投资247.3亿元，中央预算内专项资金(国债)106.5亿元，南水北调工程基金159.3亿元，国家重大水利工程建设基金1150.9亿元，贷款465.3亿元。
公开资料显示，南水北调的中线和东线工程都已进入工程通水倒计时阶段。东线工程是从长江下游引长江水，利用京杭大运河等现有河道湖泊，经过江苏、山东两省将南水送至山东、天津，计划于2013年完成主体工程。
