厦门南方海洋研究中心实行教育部、国家海洋局、福建省直相关部门、厦门市政府与厦门大学、国家海洋局第三海洋研究所等涉海院校、研究单位及社会力量“共同建设、共同支持、共同管理”的新体制。
中心领导决策机构为“厦门南方海洋研究中心管委会”，管委会办公室负责履行日常管理工作；中心的“专家咨询委员会”是海洋科技决策咨询机构，负责开展项目、平台的论证工作，并对中心的发展战略、规划和政策措施提出意见和建议；日常办事机构为“厦门南方海洋研究中心秘书处”。
厦门南方海洋研究中心成立后，将整合提升福建省涉海科技力量，建设南方海洋研究中心原始创新基地、海洋新兴产业中试平台、公共支撑与产业服务平台。
中心启动阶段将完成包括西海洋科考船队平台建设、海洋药源生物种质资源库建设和海洋材料海上试验场建设等。未来依托在闽涉海高校和科研院校重点共建完善3-5个海洋科技重点实验室、10个海洋科技创新团队等。
