最大的争议在于转基因作物方面。绿色和平激烈反对转基因技术，并且用政治手段干预学术讨论，批评者指责他们为证明转基因的危害性有选择地使用数据、资料，对公众进行误导，著名记者威尔逊·达席尔瓦曾称他们是“教条主义的、反科学的狂热分子”。
选自：《看历史》杂志
绿色和平组织被许多人视作“欧洲的环保组织”，但它其实诞生于北美大陆。
上世纪70年代前后，是北美反战运动高涨的时代，一些美国和加拿大的青年反战人士流浪到加拿大西海岸的卑诗省，于1969年成立了一个“不以举手表决委员会”，骨干有欧文·斯托、吉姆·博伦和保罗·科特等人。这个委员会的宗旨是反对在海洋上进行核试验，名称的由来，则是1969年美国反核大游行中的一句口号。
1971年9月15日，“不以举手表决委员会”第一次组织行动，骨干成员菲利斯·科马克率领一艘机帆船从温哥华远征美国阿拉斯加安其茨卡，以抗议美国在当地举行核试验的计划，出发时，比尔·丹内尔临时起了个“绿色和平运动”的时髦名字（当时叫这个名字的反战组织很多），结果一炮走红。1972年，“不以举手表决委员会”索性改名“绿色和平”。1971年9月15日也被定为绿色和平组织的诞生日，其总部虽几经搬迁，但大多数时候位于加拿大卑诗省枫树岭市四号街上。
从一开始，这个组织就显示出与众不同之处。他们多数是穷学生、流浪汉，没有什么钱，买船、出海，被认为是天方夜谭，但他们硬是想出提前一年举行募捐音乐会的好办法，不仅筹措了足够的钱，还因为这场反战筹款音乐会，在媒体上打响了名气。从此，筹款和媒体造势，成为绿色和平组织的两大看家本领。
事实上，安其茨卡远征本身并不成功，船在中途被拦截，根本未抵达目的地。但当科马克等人垂头丧气返航，却受到热烈欢迎，因为他们的勇气和组织能力受到北美民众和舆论的广泛同情，他们也被视作反战英雄，并在公众关注下重返实验海域，直到核爆炸完成，而美国则迫于舆论压力，取消了在安其茨卡的进一步核试验计划，绿色和平从此名声大噪。
绿色和平很快将目光瞄向法国，当时法国在太平洋的波利尼西亚莫鲁罗瓦环礁设立了核试验基地，绿色和平决定将工作重心对准法国核试验，他们得到了商人大卫·麦克塔加特的赞助和参加，后者捐献了一条游艇，并改名“绿色和平三号”。1972年，“绿色和平三号”开往莫鲁罗瓦抗议核试验，中途遭到法国海军拦截，麦克塔加特被殴打，一目失明。然而这一幕被其他成员拍下来公诸于众，舆论大哗，法国海军不得不宣布终止大气核试验。绿色和平再下一城。
此后绿色和平组织一而再、再而三地干扰法国的地下核试验。1978年，他们用4万英镑买下一艘40米长的拖网渔船，改名为“彩虹勇士号”，成为绿色和平的旗舰，海上活动能力大增。恼羞成怒的法国密特朗政府最终忍无可忍，1985年，派特工潜入新西兰奥克兰怀特玛塔湾，炸毁了“彩虹勇士号”，船上摄影师费尔南多·佩雷拉遇害，这件事震惊世界。真相大白后法国政府不得不道歉，并赔偿新西兰1300万新西兰元。
与法国的对抗令绿色和平享有了世界声名，自此他们一直公开宣称，是他们的努力，才让核大国中止了大气层核试验。
绿色和平从成立之初就分为两派，一派以反战为主，另一派则更关注环保和生态。70年代中叶，一部分留在北美的绿色和平组织骨干将活动重点转向抗议商业捕鲸，并从美、加大西洋沿岸逐渐扩展到全球各海域，70年代后期，又瞄准了各国运输核废料的船只，曾多次组织对核废料和有毒垃圾运输船的拦截。近年来绿色和平组织最出名的事，就是坚决反对转基因食品的研究和推广。
绿色和平组织一度遭逢财政危机，70年代末，位于加拿大的总部债台高筑，号召力大损，各国分支纷纷自行其是。在大卫·麦克塔加特的推动下，该组织进行了改组，成立了自上而下的严密组织，经费、筹款统筹使用，上下级关系明确严格，活动组织井然有序，和当时其他“绿色”组织大相径庭。
由于不习惯这种严密组织、严格纪律的新模式，许多创始会员和分支独立出去，影响最大的，莫过于英国和美国的分支“单干”，和加拿大本部的分裂，此后，尽管绿色和平组织的总部仍然设在加拿大，但活动重心却已经欧陆化了。
目前绿色和平组织的实际总部，是位于荷兰阿姆斯特丹的绿色和平基金理事会，下辖28个区域办事处，分支遍及全球48个国家和地区。绿色和平组织现有员工二千四百人，来自全球的志愿者一万五千人，支持者据称有二百六十万左右。
绿色和平组织始终坚持不接受国家、企业捐款的原则，以便确保中立性，不妨碍对任何“大势力”的谴责自由，其经费来源为个人捐赠，每年约二三百万欧元。
绿色和平组织以船起家，不久前，“彩虹勇士二号”旗舰退役，将在11月由“彩虹勇士三号”接替，除此之外，现役大型船只还有“北极阳光号”和“埃斯佩兰萨号”。
绿色和平组织在成立之初是媒体和公众的宠儿，甚至在拦截他们的军人中也不乏同情者。但随着行动的频繁，许多人指责他们行动鲁莽，不计后果，如为了保护海豹夸大加拿大原住民“虐杀”的事实，为干扰捕鲸船或垃圾运输船而造成海上事故，甚至撞毁珊瑚礁等。
绿色和平组织经常采用堵塞交通等方法进行示威，引起不少公众的反感，被指责为“绑架民意”；他们还习惯于制造并利用舆论，有人曾嘲笑他们“三天看不到绿色和平字样在报纸头版就浑身不自在”。
一名化名“奥利佛·佛蒙特”的法国记者曾混入绿色和平，后来写了《绿色和平背后那张脸》的爆料书，书中揭示了这个组织上层的颟顸和浪费，根据该记者卧底得来的资料，该组织一年仅支付董事会和员工薪水就要花掉180万欧元，占了年收入的一大半。
最大的争议在于转基因作物方面。绿色和平激烈反对转基因技术，并且用政治手段干预学术讨论，批评者指责他们为证明转基因的危害性有选择地使用数据、资料，对公众进行误导，著名记者威尔逊·达席尔瓦曾称他们是“教条主义的、反科学的狂热分子”。他们曾为了阻止转基因作物在非洲的传播，挑唆当地环保组织拒用或销毁美国援助的转基因玉米种，并不择手段地诋毁支持转基因作物栽培的组织和专家，赞比亚政府曾指责他们“唯恐天下不乱”，应为次年发生的东非大饥荒负责。
还有人指责绿色和平并非如标榜那样中立客观，他们有时会收受某些污染大户拐弯抹角的赞助，然后将矛头指向这些大户的竞争对手，而实际上二者间的排污水平不相上下。
“四十而不惑”，如今的绿色和平组织仍具有相当的活动能力和影响力，但已不再是当年那个被当做“英雄”、“偶像”、崇拜的“彩虹勇士”了。
